１．書面により提出した申告書は無効
2018年度（平成30年度）税制改正により「電子情報処理組織による申告の特例」が創設され、2020年（令和2年）4月1日以後に開始する事業年度（課税期間）から、内国法人のうち事業年度開始時の資本金の額又は出資金の額が1億円を超える法人等は、電子申告（e-Tax）による申告書の提出が義務化されました。
義務化の対象法人が電子申告により法定申告期限までに申告書を提出せず、書面により提出した場合は、その申告書は無効なものとして取り扱われ、無申告加算税の対象となります。
また、2期連続で法定申告期限内に申告がない場合は、青色申告の承認の取消対象にもなりますので注意が必要です。
２．電子申告の義務化の概要
電子申告の義務化の対象となる税目、法人の範囲、手続等は以下のとおりです。
(1) 対象税目
法人税及び地方法人税並びに消費税及び地方消費税
※地方税の法人住民税、法人事業税も対象です
(2) 対象法人の範囲
① 法人税及び地方法人税
イ．内国法人のうち、その事業年度開始の時において資本金の額又は出資金の額が1億円を超える法人
ロ．相互会社、投資法人及び特定目的会社
② 消費税及び地方消費税
①に掲げる法人に加え、国及び地方公共団体
(3) 対象手続
確定申告書、中間（予定）申告書、仮決算の中間申告書、修正申告書及び還付申告書
(4) 対象書類
申告書及び申告書に添付すべきものとされている書類の全て
３．e-Taxによる申告の特例に係る届出書
電子申告の義務化の開始に当たり、2020年（令和2年）4月1日以後、義務化対象法人はすべて所轄税務署長に「e-Taxによる申告の特例に係る届出書」を提出しなければなりません。
※「e-Taxによる申告の特例に係る届出書」の様式は国税庁ホームページを参照
届出書を提出する時期は、次のとおりです。
(1) 2020年（令和2年）3月31日以前に設立された法人で2020年（令和2年）4月1日以後最初に開始する事業年度（課税期間）に対象法人となる場合は同事業年度（課税期間）開始の日以後1か月以内
(2) 2020年（令和2年）4月1日以後に増資により対象法人となる場合は資本金の額又は出資金の額が1億円超となった日から1か月以内
(3) 2020年（令和2年）4月1日以後に設立された法人で設立後最初の事業年度から対象法人となる場合は設立の日から2か月以内
(4) 2020年（令和2年）4月1日以後に対象法人であって消費税の免税事業者から課税事業者となる場合は課税事業者となる課税期間開始の日から1か月以内
４．e-Taxによる申告の特例の適用がなくなった旨の届出書
一方、減資等により資本金の額又は出資金の額が1億円以下となった場合等により義務化対象法人でなくなった場合には、所轄税務署長に対し、速やかに「e-Taxによる申告の特例の適用がなくなった旨の届出書」を提出します。
※「e-Taxによる申告の特例の適用がなくなった旨の届出書」の様式は国税庁ホームページを参照
５．例外的に書面申告が認められる場合
電子申告義務化後において、電気通信回線の故障、災害その他の理由によって、e-Taxにより法定申告期限までに申告書を提出することが困難な場合には、所轄税務署長の承認を得た上で、書面により提出することで、例外的に申告義務が履行されたものとみなされ、その書面による申告書は有効なものとして取り扱われます。
当該承認を得るためには、事前に「e-Taxによる申告が困難である場合の特例の申請書（取りやめの届出書）」及びe-Taxを使用することが困難であることを明らかにする書類を所轄税務署長に提出する必要があります。
※「e-Taxによる申告が困難である場合の特例の申請書（取りやめの届出書）」の様式は国税庁ホームページを参照