あなたにもできる！ハーバード留学！！～アラフォーからのボストン留学体験記

皆さん

お久しぶりです。
最近何人かの方にボストンの留学準備について聞かれることが多く、5年ぶりにこのブログ開いて見ました。
当時こんなことを考えていたんだと懐かしくなりました。

ハーバードの留学5年　→　O2ビザ取得＆インダストリー就職　→ グリーンカード取得　→ 　インダストリー２社目（←今ココ）

とハーバードからは離れましたが、相変わらずボストンで楽しく過ごしております。

思えばこのブログ立ち上げてから10年経っているんですね。
年々形は変わっていくのですが、相変わらず英語には苦しみ、文化や制度の違いに日々発見がある毎日は変わりません。

折を見て英語のヒントや日々気づいた興味深いことを載せていこうかなと思っております。
どうぞよろしくお願いいたします。

いつの間にかボストンも５年目。。
いろいろ書きたいこともあるんだけれど、いつの間にか時間がたってしまって、このブログも結構ほったらかしにしていた。

ちょっと研究面では停滞したこともあって、スランプな時期も去年から今年の初めにかけてありましたが、ここにきて開き直りというか、仕事面ではラストスパートにいろいろできる限りのことをやってみようという気になってきましたね。

あとこちらの四季も楽しむようにしていきます！

2017年がいつの間にか始まった。

2016年は、一日一度新しいことに挑戦するが、目標だったことものあるのですが、2016年いろいろなことに挑戦しすぎて、ブログを書く暇がなかったくらいでした。



一つには英語でのコミュニケーション能力に自信がついてきたので、新たなことを挑戦する余裕がでてきたこと、研究の方もまとめがさしかかるにしたがって、さらなる進展方向を求めて伸びそうなところに種をまき始めたということもあるかもしれない。

ざっとここに挙げられるだけでも

１）toastmasterのCompetent Communicator manualが終わったこともあって、toastmaster clubの世話人を引き受けるようにした。

２）二つのtoastmaster clubに属するようになった。

３）Harvard Biotechnology clubのキャリアフェアーを手伝った。

４）本格的にcomputational biologyのテクニックを勉強するようにした。

５）SNSを本格的に始めた。

６）日本人の少ないネットワーキングの集まりに積極的に顔を出すようにした。

７）母校の同窓会の雑誌に留学についてのノウハウを紹介する記事を載せていただいた。

８）定期的に運動するようにした。

９）アメリカでの就職セミナー＆コーチングセッションにでてみた。

10）あっつ、Bitcoin買ってみたっていうのもありますね（笑）


今年の目標としては、留学としては最終段階になると思うので、4これまで培ってきたものをうまくアウトプットしていける心がけていきたいと思う。

１）研究をうまく論文としてまとめる。これにはようやく網羅的解析ができたので、それをうまく合わせて厚みのある研究にしたい。また合わせて網羅的解析のプラットフォームを作るというのもやっていきたい。

２）１）とこれは関係するのだが、これまでになかった異次元な共同研究を進めていきたい。これにはDeep learningやがん免疫などのツールを自分のツールと組み合わせてテリトリーを広げていくということになると思う。　

３）英語のコミュニケーション能力向上のツールとして、toastmastersという活動が有用であることがわかったので、その活動の中でさらに自分に負荷をかけて、コミュニケーション能力を向上させるとともに、英語が第二外国語のプロフェッショナルの方にtoastmastersという糸口があることを広げていきたい！

これには現在所属しているtoastmasters clubのVP of membershipとしての活動とともに、何らかの形で日本人のコミュニティにむけて発信していくことを考えている。


というのが今年の目標となる。さあ頑張っていきましょう！

Psudoalignmentというある意味姑息な手法を使って高速にRNA-seq data解析を行うソフトkallisto使ってみた。

インストールその他は、チュートリアルGetting Started及びKallistoInstallが詳しい！

リファレンスゲノムファイル（cDNA）をEnsembleのFTPサイトで落とし、macのterminalで

$ Kallisto index -i myMouseIndex Mus_musculus.GRCm38.cdna.all.fa

としてインデックスファイルをつくる。

その後kallistoのマニュアルを参考に、kallistoの定量のコマンドを打ち込めば良い！

今回pair endedのシーケンスだったため、XXX_SYYY_L001_R1_001.fastq, XXX_SYYY_L001_R2_001.fastqという２種のファイルがあったのだけれど、それぞれR1, R2というディレクトリを作り移動！

$ mkdir R1, R2

$ mv *_R1_* R1
$ mv *_R2_* R2

それから実際のコマンドをうちこむ。ファイル名は共通部分をbasenameコマンドで、変数として切り取り利用すれば良い！

変数の定義の際に=の前後でスペースを入れないこと
変数をテキストとして使う場合に${変数%%.test}を使うところに気づかずちょっと手間取ったが、

以下で、カウンティングファイルとともにBAMファイルも作ってくれる！（前もってsamtoolsのインストールが必要である）。

$ for file in R1/*.fastq

do

echo $file
basef=`basename $file _L001_R1_001.fastq`
R1file=${basef%%.text}_L001_R1_001.fastq
R2file=${basef%%.text}_L001_R2_001.fastq
echo $R1file
echo $R2file
kallisto quant -i myMouseIndex -o ${basef%%.text} --pseudobam R1/$R1file R2/$R2file | samtools view -bS - > ${basef%%.text}.bam

done

で各サンプルごとのフォルダにカウントファイルほか、BAMファイルもつくってくれる！

次に

for folder in *_S*
do
echo $folder
cp ${folder%%.txt}/abundance.tsv ${folder%%.txt}_abundance.tsv
done

で各フォルダーに保存してあるカウントファイルにサンプル名をつけたファイルができる。

kallistoの文献はこちら
kallistoの紹介記事Kallisto, a new ultra fast RNA-seq quantitation method

USMLE　2CS英語レッスン３回目

今回は割とシステムに慣れてきたで、２症例をやってかつ前回の神経学的所見の取り方をおさらいしました。大体の流れはつかめるようになったものの、

１）ところどころスムーズさに欠ける
２）重複が多い
３）必要な医学的質問を忘れている（糖尿病の現状の把握など）

という課題が見えてきますね。あとpatient noteの部分はカバーできていないのですが、これもまた必要な鑑別を忘れてしまいますね。もうちょい突っ込んだトレーニングが必要なようです。

今回からは音声録音で対応することにしました。特に神経学的所見の取り方を含めた復習の部分は忘れそうなのでしっかり録音したのち書き起こしておきました。症例はドラッグが原因と思われる幻覚が主訴の２７歳男性。
多少違っているかもしれませんが、いろいろな意味でテンプレートとしては使えそうです。

テープ起こし

Ah I’m just coming to the physical exam and let me wash my hands.
Ok. One thing frist. I would like to look up Please Ok, and look down, Ok.

Can you clone your eyes tightly like this, and can you open?

Can you raise your eye brows?

I want you to follow my finger without moving your head.

Thank you very much.

I would like you to look at the wall right behind me like at the point there.
I’m just gonna shine you slightly.

I would like you to close your eyes and I’m just gonna touch your head.

Do you feel this?
Do you feel this?
Do you feel this?
Do you feel this?

Is it the same on both sides?

Please keep your eyes closed.

Do you hear this?
Do you hear this?

Is it the same on both sides?

Thank you very much.

OK

Can you tell me your name?

XXXX

Ok, where are we?

Hospital.

OK, who is the president of United States?

Barak Obama

Good I’m gonna give you three words.

Apple, Cat, Pen.

Please remember that, I’m gonna ask you abut that.

What did you have for breakfast?

Bread and Egg.

Can you spell backwards the word Table?

ELBAT

OK good.

Can you remember the words I gave you?

Apple, Cat, Pen

Good, thank you very much.

I’m just going to check your chest and I’m just going through anther practice.

Just breath normally?

You can take deep breath in and out?

In and Out.

In and Out

In and Out.

I’m just gonna listen from behind.

In and Out.

In and Out.

In and Out.

OK good.

Just breath normally.

All right. I would like you to go like this?

I am gonna push you, so please resist me?
OK

I am gonna pull you and please resist me?

Ok

I am gonna push you and please resist me?

OK

Please pull me?

OK. Thank you very much.

Please put your arms like this?

I’m gonna press down.

OK

Please go like this.

OK.


Please squeeze my fingers.

OK. Thank you very much.

Hey, I would like you to stand up. And I would like you close your eyes.

OK, just a few moment.

Good.

Please open up!

I would like you to walk to the door please

Sorry, Are you OK?

Yeap.

Could you walk back to me? And this time, you can walk heel to toe and heel to toe.

All right, good you can sit down.

Last thing, I’m gonna check your reflex.

OK.

I’m just gonna check your feet.

OK.

OK good. I’m all done with my physical exams, and let me give you my impressions.

One possibility is that you have an abnormality right in your brain and so we can diagnose that by imaging studies.

However there is a strong possibility that your hallucinations are caused by the drugs you took. You had Ecstacy and Angel dust yesterday and that is when it started.

So sometimes these drugs if they are taken regular basis, can cause these hallucinations. I need to do some tests and I will do blood test and a few other tests.

In the meantime, I would really strongly like to recommend you to stay away from taking these drugs. These drugs can cause serious health consequences such as hallucinations. Once you start hallucinations, it can get worse. I will also recommend you to give up tobacco. I understand it hard, but tobacco can also cause serious heath problems in the future. If you are interested, I can have a counselor to speak with you for smoking cessation and resources here at the hospital as well as the drugs.

Once again, I would recommend you to stop taking Ecstacy and Angel dust and I hope you stop tobacco. I will go get those tests setup right now and once we get the test results back, I will meet with you again. Ok. Thank you very much.